W ostatniej dekadzie sierpnia 1939 roku w Białowieży zorganizowano szpital wojenny Nr 502. Ulokowano go w pałacu carskim i położonym nieopodal schronisku turystycznym. 38-osobowy zespół lekarzy z Poznaniu oraz kilkadziesiąt sanitariuszek z Kaliskiego i Poznańskiego przybyło do Białowieży na tydzień przed wybuchem wojny. Komendantem szpitala był major-lekarz, obywatel polski, z pochodzenia Holender.
1 września, przed szóstą rano, nad Białowieżą pojawiły się dwa samoloty niemieckie. Mieszkańcy początkowo myśleli, że przeprowadzane są manewry wojskowe. Gdy z tych samolotów posypały się bomby, wiedziano już, że to początek wojny. Zrzuconych zostało 16 bomb. Dwie bomby trafiły w cerkiew – jedna zniszczyła kopułę, druga północną ścianę. Bomby spadły także na handlowe kramiki stojące na rogu obecnych ulic Waszkiewicza i Sportowej. Zginął jeden mieszkaniec (Feliks Kowalczyk), parę osób było kontuzjowanych. Roztrzaskany został ok. 500-letni dąb w Parku Pałacowym. W niektórych oknach pałacu i muzeum powypadały szyby.
Personel szpitala tuż po nalocie rozpoczął kopanie rowów ochronnych dla rannych, przeprowadzano przy tym szereg ćwiczeń, głównie obrony przeciwgazowej.
Następnego dnia po nalocie mieszkańców Białowieży zelektryzowała wiadomość, że na skraju Polany Białowieskiej wylądował samolot niemiecki. Leśniczy Roman Jasiński z Parku Narodowego, uzbrojony w sztucer myśliwski, w towarzystwie grupy chłopów zaopatrzonych w widły i kosy, pobiegł ile sił w nogach we wskazanym kierunku. Pilot, na widok grupy agresywnie nastawionych ludzi, poderwał samolot z ziemi i bezpiecznie odleciał. Najpewniej przyleciał w celu sprawdzenia rezultatu bombardowania w poprzednim dniu.
W te niespokojne już dni życie w Białowieży toczyło się nadal starym torem. Pracowały wszystkie instytucje, zakłady, sklepy. Tymczasem z frontu nadchodziły coraz groźniejsze wiadomości.
7 września przez Białowieżę w kierunku Wilna ewakuowały się bielskie władze powiatowe, ze starostą Zelisławem Januszkiewiczem.
Cztery dni później siedzibę Dyrekcji Okręgu Białostockiego Lasów Państwowych w Białowieży opuścili ostatni jej pracownicy. Na wschód ewakuowała się razem z nimi także Dyrekcja Naczelna Lasów Państwowych, z dyrektorem Adamem Loretem. Rankiem 17 września, po opuszczeniu Pińska i dotarciu do Nadleśnictwa Naliboki, a następnie udaniu się w kierunku Wilna kolumna natknęła się na radziecki oddział pancerny, który polecił jej udać się do Nowogródka. Tam wszyscy zostali internowani przez władze radzieckie.
W nocy z 11 na 12 września gen. Otton Krzisch – dowódca drugiego rzutu kwatery głównej oraz tyłów Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Narew” wycofał się wraz ze sztabem z Bielska Podlaskiego i przybył do Hajnówki. Wieczorem wycofały się tam również pozostałe oddziały tyłowe. Ocalałe tabory i urządzenia tyłowe grupy rozmieszczone zostały w Puszczy Białowieskiej, na wschód od miasta. Również gen. bryg. Zygmunt Podhorski zdecydował wieczorem 13 września zbliżyć się do Puszczy Białowieskiej. W przypadku trudności osiągnięcia wyznaczonych rejonów oddziały miały maszerować do Białowieży jako rejonu zbiórki.
12 września, około godziny 12-tej, nad pałacem w Białowieży przeleciały w kierunku na południe trzy bombowce niemieckie. Bomb nie zrzucono, do samolotów nie strzelano. W tym samym dniu rozpoczęto ewakuację szpitala wojennego, kierując się na wschód.
13 września, około południa, nieprzyjacielskie oddziały 3 Dywizji Pancernej zaczęły przenikać do Puszczy Białowieskiej. Zagrożony ruchem Niemców gen. O. Krzisch nakazał zgrupowaniu taborów odwrót do Białowieży, skąd w nocy wycofały się one do Prużany, a stąd do Kowla. Walki o Hajnówkę trwały kilka dni, miasto zostało zdobyte 18 września. Oddziały niemieckie zatrzymały się na rubieży Knyszyn – Białystok – Narew – Hajnówka – Brześć Litewski.
Na wieść o pojawieniu się w Hajnówce Niemców, z Białowieży 13 września, około godziny 17-tej, wyruszył w kierunku na Prużanę – Różanę oddział uformowany przez Romana Jasińskiego z członków miejscowego Przysposobienia Wojskowego Leśników. Dołączył do nich przyjaciel Jasińskiego, rotmistrz rezerwy Henryk Messing z synem Januszem, który do Białowieży przyjechał 5 września. Grupę wzmocnił kpt. Erazm Ostrowidzki ze zorganizowaną przez siebie kompanią chłopców, uzbrojonych w stare austriackie manlichery. Dołączyła do nich także grupa nauczycieli pod przewodnictwem kierownika szkoły Rudolfa Zdarzyla. Celem oddziału była bezpośrednia walka z wrogiem. Przebywający w Białowieży oddział kpt. Ostrowidzkiego próbował zorganizować na drodze do Kamieniuk zaporę przed nieprzyjacielskimi czołgami.
17 września rozpoczęła się agresja wojsk ZSRR na Polskę. Tego samego dnia do szpitala wojennego w Białowieży przywieziono, na dwudziestu wozach, znaczniejszą partię rannych żołnierzy. W szpitalu nie było już personelu wojskowego. Dużą pomoc rannym okazał powstały samorzutnie komitet obywatelski, złożony głównie z kobiet – żon pracowników administracji leśnej, m.in. Jenkowej, Podgajewskiej, Pągowskiej, Moraczewskiej.
18 września do Białowieży dotarły oddziały Suwalskiej Brygady Kawalerii, dowodzonej przez gen. bryg. Zygmunta Podhorskiego. Znajdowały się tu już: niepełny 2 pułk ułanów, także 10 pułk ułanów i 3 pułk strzelców konnych Suwalskiej BK oraz część 5 pułku ułanów z Podlaskiej BK.
20 września gen. Z. Podhorski zorganizował z oddziałów Suwalskiej i Podlaskiej Brygad Kawalerii zgrupowanie kawalerii „Zaza” w składzie 2 brygad – „Plis” pod dowództwem płk. Kazimierza Plisowskiego i „Edward” pod dowództwem płk. Edwarda Milewskiego. W skład pierwszej brygady weszły: 10 pułk ułanów litewskich, 2 pułk ułanów grochowskich (bez szwadronów 1 i 4), dywizjon 5 pułku ułanów zasławskich, 1 szwadron i część 11 szwadronu pionierów, natomiast w skład drugiej: 1 pułk ułanów krechowieckich (bez szwadronu), 3 pułk szwoleżerów mazowieckich, 3 pułk strzelców konnych, część 11 szwadronu pionierów. Dowódcy Zgrupowania podlegały bezpośrednio: dwudziałonowa bateria dak, 11 szwadron łączności i pododdziały piesze. Nazajutrz obie brygady wyruszyły w dwóch kolumnach z Białowieży w okolice Czeremchy.
Sytuacja rozpoczynającej się wojny otwierała niektórym osobom drogę do dokonywania osobistych porachunków. Dość znamiennym tego przykładem było napadnięcie 24 września przez nierozpoznaną grupę na nadleśniczego Nadleśnictwa Zwierzyniec, inżyniera Tadeusza Postolkę. 44-letni nadleśniczy został ciężko zraniony. W lutym 1940 roku NKWD deportowało go na Syberię, gdzie zmarł z głodu i wycieńczenia.
27 września oddziały 10 Armii Czerwonej, dowodzonej przez komkora Iwana Zacharkina, opanowały w rejonie Hajnówki składnicę amunicyjną, zdobywając dwa działa, 30 tys. pocisków artyleryjskich, 10-12 mln naboi i karabiny. Do niewoli wzięto 125 polskich żołnierzy i dwóch oficerów.
Tak więc, obszar Puszczy Białowieskiej, Hajnówki i okolic znalazł się w zasięgu Armii Czerwonej. 28 września zawarty został niemiecko-radziecki „Traktat o przyjaźni i granicy między ZSRR i Niemcami”, który ustalił granicę między III Rzeszą a ZSRR na linii rzek Narwi, Bugu i Sanu. Traktat oddawał rejon Puszczy Białowieskiej Związkowi Radzieckiemu. Tego samego dnia w Białowieży, w okolicy obecnej ulicy Meleszkowskiej, rozlokował się 220 pułk 5 Korpusu Strzeleckiego 10 Armii Frontu Białoruskiego. Urządzono tutaj skład artyleryjski. Jedna kompania strzelecka została wydzielona do pełnienia służby wartowniczej na stacji Hajnówka.
„Na powitanie Sowietów - wspominał po latach Tadeusz Łaźny - „miejscowi” na ulicy Stoczek (obecnie gen. A. Waszkiewicza) w pobliżu budynku, w którym po wojnie było muzeum etnograficzne, postawili wysoką bramę udekorowaną czerwienią i zielonymi gałązkami drzew iglastych”. Wielu jednak mieszkańców bardzo szybko pozbyło się złudzeń.
Sowieci wprowadzili stan wojenny tak w Białowieży, jak i we wszystkich zajętych miejscowościach. Ludności zezwolono na przemieszczanie się do godziny 22.
Rozpoczęły się trudne okupacyjne dni. (oprac. Piotr Bajko)